[생물학의 철학] Godfrey-Smith (2002), “On Genetic Information and Genetic Coding” 요약 정리 (미완성)

[ Peter Godfrey-Smith (2002), “On Genetic Information and Genetic Coding”, in P. Gärdenfors et al. (eds.)(2002), In the Scope of Logic, Methodology and Philosophy of Science, Vol. II (Kluwer Academic Publishers), pp. 387-400. ]

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1. The proliferation of semantic descriptions of genes, and the reaction against it

2. Information is not enough

3. A problem and its solution in cell biology

4. The theoretical role of the concept of genetic coding

5. A thought-experiment

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1. The proliferation of semantic descriptions of genes, and the reaction against it

2. Information is not enough

[p. 391]

갓프리-스미스의 주장은 정보 개념이 물리적 연합과 연결의 masses를 기술하는 유용하고 간편한 방식을 제공한다는 것

그러나 정보 개념은 유전적 요소와 비-유전적 요소 모두에 같은 방식으로 적용될 수 있기 때문에, 이 개념은 그 문제에 대한 답을 우리에게 제공하지 못함.

3. A problem and its solution in cell biology

[p. 392]

20세기 전반, ordering amino acids의 gene action을 이해하는 것이 중심 문제

아미노산이 단백질 분자들의 다른 속성들과 어떻게 관계하는지 명확하지 않아서

아미노산 sequence보다 단백질이 많아서, ordering problem을 해결하는 것이 유전자가 유기체에 어떤 영향을 주는지 이해하는 열쇠

[p. 392]

생물학적 과정에서 효소(enzyme)의 중요성을 생각하면, 단백질 그 자체가 아미노산에게 다른 단백질을 만들라고 하는 것이 자연스러운 생각일 것.

그러나 이러한 효소 안에 있는 아미노산에게 무슨 명령을 내릴 것인가?

단백질들과 관련하여 매우 복잡한 인과적 그물

[392]

주형(template) 개념이 다른 접근을 제공

[392]

경제적인 해법: 아미노산 사슬이 아미노산 합성에서 주형으로서 역할을 한다는 것

[392]

아미노산 시퀀스가 스스로의 주형으로 동시에 작용할 방법이 없어 보임

[393]

이러한 생각은 물론 옳지 않은 것으로 판명됨

[393]

전사(transcription)와 번역(translation)의 구분

DNA 기본 알파벳 네 개 C, A, T, G, 그리고 mRNA와 tRNA의 역할

"유전적 코드"는 ...

RNA에 대한 “해석”은 mRNA로부터 유도된 DNA에 대한 해석을 결정함

[393]

그래서 우리는 단백질 합성에 대한 해결책을 찾음

그리고 해결책의 세 가지 특징이 유전적 코딩 개념을 유도함

[393]

첫째, 단백질을 만들 때 사용된 주형은 같은 단백질 그 자체기 아니고 단백질이 아닌 다른 종류의 분자

[393]

둘째, 이들 주형에 의한 단백질의 특성화는 결합적으로 구성됨

이 구조는 두 수준에서 존재함.

[393]

염기 트리플릿(base triplets)과 아미노산들을 연결하는 규칙은 “임의적”이라고 말해짐.

갓프리-스미스는 여기서 임의적이라는 용어가 많은 구분된 문제들을 언급하는 것이라고 봄

어떤 문제는 아미노산에 코돈을 할당하는 전반적인 패턴이 내적인 질서나 기능적인 합리성을 가지느냐. 여기에 대해서는 합의가 있음.

변이에 대한 생화학적 영향을 최소화하는 거의 보편적인 코드가 있다는 것

두 번째 문제는 진화에 의해 아미노산에 코돈이 할당되는 것을 코돈의 속성과 연결된 화학적 원리와 아미노산 그 자체의 속성으로 설명할 수 있느냐는 것. 갓프리-스미스는 이것이 논쟁적인 측면이 있다고 함

세 번째 문제는 아미노산에 코돈을 할당하는 것을 매개하는 메커니즘이 어떠한 친화력(affinities)이나 다른 화학적 결합에 민감한가, 앞선 두 문제와 관련하여

[394]

가장 중요한 것이 세 번째 문제

그리고 그에 대한 명확한 대답은 없다.

아미노산과 그것의 코돈 또는 안티코돈 사이에 화학적 친화력이 있든 아니든, 오늘날 유전적 메커니즘은 그러한 사실에 민감하지 않다.

그러한 친화력이 존재해도 그러한 친화력은 조금도 인과적 역할을 하지 못한다.

tRNA 분자의 우연적인 특징과 tRNA에 아미노산을 붙이는 효소의 특징은 어떤 아미노산에 어떤 triplet이 따라가는지 결정한다.

[394]

메커니즘의 성질을 고려하면,

갓프리-스미스는 아미노산과 그것의 코돈이나 안티코돈의 친화성의 존재 여부보다 더 근본적인 것이 존재하며, 그것은 “임의성”이라고

갓프리-스미스는 오늘날 유전적 코드에서 일종의 “임의성”으로서 번역 메커니즘에 대한 중요한 사실을 계속 언급할 것

[394]

이 문제는 해결됨

단백질에 대한 지시 메커니즘으로서의 주형,

그리고 이러한 해결책은 핵산 염기(bases)와 단백질의 관계를 설명함.

이러한 관계는 인과적 특수성에 대해 결합적이고 화학적으로 임의적인 역할

이 관계는 유전적 코딩에 의해 유전자와 단백질이 선택된 것

4. The theoretical role of the concept of genetic coding

[394]

유전적 코드 개념이 유전적 인과과 비-유전적 인과가 어떻게 관계되는지에 대해 무엇을 말해주는가?

[395]

유전자에 대한 의미론적 관점은 세포 생물학에서 문제를 푸는 데 이론적 역할을 한다.

5. A thought-experiment

[396]

갓프리-스미스의 사고실험

"유전적 코딩이 없다면, 생물학의 어느 부분이 달라질 것인가?"

이는 유전적 설명이 실제로 많은 생물학적 설명의 부분인지 답하는 것

[397]

유전적 코딩이 없는 가능한 시나리오

발생과 진화가 실제로는 거의 같고

그러면 이 시나리오에서 우리는 코딩이 옳은 명령에서 아미노산이 특정한 임무를 수행하도록 세포가 어떻게 관리하는지 설명하는 것의 일부분으로 생각할 수 있다.

[397]

이 사고실험은 20세기 생물학에 기반함

몇몇 시대에는 단백질 그 자체가 유전자를 만드는 분자일 것으로 추정함

[397]

어떤 제안은 단백질이 그 자신의 주형으로서 작동할지 모른다고

이러한 대안 이론이 참인 것으로 판명되었다고 하자.

이는 “단백질-유전자”가 염색체에 의해 펼쳐지지 않아야 함

이것이 과학적으로 가능한지는 모르겠으나, 강조점이 있음

[397]

유전자가 이런 종류의 단백질 분자라면, DNA 시퀀스는 유전적 코드를 확실히 안 가지게 됨

유전자는 단백질의 샘플일 것

[397]

이러한 시나리오에서, 메신저 분자도 없고, 번역도 없고, 표현도 없고, 해석도 없다.

[397]

갓프리-스미스의 사고 실험에서 유전적 코드도 가질 수 없고, 유전자가 어떠한 형질에 대한 코드에 대해 말할 수 있다고 할 수도 없음

[398]

유전

유전적 코딩은 어떻게 생물학적 구조가 세대들 사이의 "병목"을 지나는지 설명할 때 중요

"병목"은 각 새대가 한 수정란(fertilized egg)에서 시작될 수밖에 없다는 것을 가리킴

이러한 병목은 최근에 비판받음

우리는 좁은 병목을 가질 수 있음, 그러나 복잡한 형질들의 유전은 병목을 통한 코드화한 메시지가 지나가는 것으로 설명될 수 없음

대신 병목으로 지나간 것은 다음 세대가 사용하는 단백질이고, 이러한 단백질을 활용하는 동태적인 과정이 시작됨

그러나 다른 것보다도, 발생과 유전의 과정은 기본적으로 현실 세계의 것과 같을 수 있음

단백질 유전자 시나리오에서,

(모르겠음)

[398]

어떤 의미에서, 유전적 코딩을 통하여 세대를 연결하는 함으로써 구조가 병목을 통과하는 것은 실제 세계에서 참이다.

[398]

우리가 단백질로부터 만들어진 유전자를 상상할 때, 유전적 성분은 여전히 핵(nucleus) 안에 있음, 그러나 같은 종류의 분자도 핵 밖에 있고 환경에서 비슷한 방식으로 상호작용함

결과적으로, 이러한 단백질 유전자는 다이아몬드 같이 보이거나(영원함) 순수한 종류의 것으로 보이거나 비-물질적 정보이거나, 평범한 인과적 주고받음에서 제거된 것으로 보이지 않음

DNA로 되돌아간 모든 것이 하는 것은 유전자의 화학적 속성을 바꾸고 그 속성들이 단백질 분자에 대한 주형으로서 어떻게 작용하는지 바꾸는 것

사고 실험에서, 갓프리-스미스는 유전자에 대한 인과적 속성의 관점을 유지하는 예라고 생각함

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(2022.07.10.)

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기말고사 답안지로 퍼포먼스 하기

어떤 교수가 기말고사를 보기 전에 학생들에게 답안지 작성 방법을 이렇게 설명했다고 한다.

“글 쓰는 도구는 연필이든 볼펜이든 상관없다. 글을 고칠 때는 교정부호를 사용하는 것이 좋겠지만 수정액이나 테이프를 사용해도 되고, 여의치 않으면 칼이나 총기를 사용해도 좋다. [...] 그리고 주어진 주제나 자신이 쓴 글이 마음에 들지 않으면 찢어버려도 좋다.”

그랬더니 어떤 학생이 정말로 답안지를 찢었다고 한다. 답안지를 찢어서 버린 것은 아니었다. 그 학생은 찢어진 답안지에 접착식 메모지를 붙여서 제출했다. 메모지에 적힌 글은 대략 다음과 같다.

흔히들 이야기하는 ‘정상적인 판단’을 통해 도출된 ‘정답’만을 마치 기계에서 뽑아내듯 강요하는 세상을 거부하고, 자신의 과거에 대한 성찰을 통해 스스로 세운 방식에 따라 자기만의 해답을 발견하고 자신이 진정으로 추구하는 미래를 향해 나아갈 수 있는 것이 인간의 가치이다.

이에 나는 제도가 인간에게 점수를 부여하고 마치 쇠고기 등급 매기듯 인간을 재단하기 위한 수단인 ‘답안지’를 찢어버림으로써 인간이 바로 그러한 예속으로부터 벗어나 참된 자유를 누려야 한다고 주장한다.

한 학기 동안 대학생이 되어 공부하며 내가 얻은 깨달음은 바로 이 찢어진 답안지가 잘 담고 있기 때문에 나는 이 찢어진 답안지를 내가 찾은 ‘가치’에 관한 나의 ‘해답’으로 제출한다.

학생은 자기가 “공부하며 얻은 깨달음”을 찢어진 답안지가 잘 담고 있다고 썼는데, 무엇을 깨달았다는지 모르겠다. “제도가 인간에게 점수를 부여”하는 것을 거부하고 “그러한 예속에서 벗어나 참된 자유를 누려야 한다”는 것을 깨달았다면, 그냥 시험 보러 오지 않았으면 되었을 것이다. 이 참에 아예 대학을 그만두는 것은 어떨까? 시험 보는 중에 그러한 것을 깨달았다고 해도, 그 깨달음을 답안지에 잘 적든지, 아니면 마음에 고이 간직하고 답안지를 백지로 제출하거나 찢어서 제출했으면 되었을 것이다. 그런데도 그 학생은 굳이 시험장까지 나와서 이런 유치한 쇼를 했다.

그 학생은 기말고사 답안지로 퍼포먼스를 하기 위해 정해진 시간에 맞추어 정해진 고사장에 도착했을 것이다. 고사장에 오기 위해 대중교통 수단을 이용했든 자가용을 이용했든, 그 학생은 수많은 사람들이 정해진 절차에 따라 정확하게 자신의 업무를 처리한 덕을 본 것이다. 수많은 사람들이 기계에서 뽑아내듯 일을 하지 않았다면, 그 학생은 “‘정상적인 판단’을 통해 도출된 ‘정답’만을 마치 기계에서 뽑아내듯 강요하는 세상을 거부”한다며 답안지를 가지고 육갑을 떨지 못했을 것이다.

내가 교수로서 그런 일을 당했다면 ‘아, 지겨워. 또 철학과 출신 미친놈이네’ 하고 생각했을 것이다. 그런데 놀랍게도 해당 수업의 교수는 그 학생의 글을 읽으면서 “영화 <동주>의 송몽규가 윤치호에게서 받은 상패를 내동댕이쳐버리는 장면”과 “고르디아스의 매듭을 칼로 끊어버린 알렉산더”가 떠올랐다고 한다. 철학과 출신 미친놈의 객기가 어떻게 송몽규나 알렉산더의 일화로 이어지는지는 잘 모르겠다. 교수가 수업에서 무엇을 가르쳤는지는 모르겠으나, 사람은 대체로 누울 자리를 보고 다리를 뻗는 법이니, 학생들이 수업 시간에 무엇을 배우고 어떤 토론을 했을지 대충 알 것 같기도 하다.

(2017.06.28.)

국민의당에 대한 나의 예언이 이렇게 빨리 실현되다니

며칠 전에 했던 말이 결국 현실이 되었다. 나의 예언이 이렇게 빨리 실현되다니.

<한겨레>는 다음과 같이 보도했다.

국민의당이 지난 대선 때 문재인 대통령의 아들 준용씨의 고용정보원 채용 비리 의혹을 제기하면서 근거로 든 준용씨의 미국 파슨스스쿨 동료 증언이 조작된 것으로 밝혀졌다며 사과했다.

박주선 국민의당 비상대책위원장은 26일 국회 정론관에서 기자회견을 열고 “지난 5월5일 준용씨의 미국 파슨스 스쿨 동료의 증언을 근거로 고용정보원 입사와 관련해 문재인 당시 대선 후보의 개입 의혹을 발표했는데, 당에 제보된 카카오톡 캡쳐 화면 및 녹음 파일이 조작된 것으로 밝혀졌다”며 “본의 아니게 국민 여러분께 허위 사실을 발표하고 혼란드려서 공당으로서 막중한 책임감 느끼고 송구스럽다. 준용씨에게도 진심으로 사과드린다”고 말했다. 박 비대위원장은 “이준서 전 국민의당 최고위원에게 관련 자료를 제공한 이아무개 당원이 당시 제공한 자료가 본인이 직접 조작해 작성한 거짓 자료였다고 고백했다”면서 “이 자료가 허위로 작성됐다는 사실을 파악했고 이아무개 당원과 이 전 최고위원으로 하여금 검찰에 출석해 진실을 밝히도록 조처했다”고 말했다. 자료를 조작했던 이아무개씨는 곧 검찰 조사를 받을 것으로 알려졌다.

* 링크: [한겨레] 국민의당 “문준용 채용 비리 제보는 조작... 사과드린다”

( http://m.hani.co.kr/arti/politics/assembly/800286.html )

(2017.06.27.)